Die Geschichte Zünikons wird mit seiner urkundlichen Ersterwähnung als Vogteimitglied im Jahre 1263 fassbar. Seine Wurzeln gründen vermutlich zur Alemannenzeit im 7. Jahrhundert. Zünikon war für Jahrhunderte ein dreifaches Klosterdorf: Grund und Boden, zeitweise auch die damit belehnten Bewohner, gehörten den Benediktinern in St. Gallen, den Dominikanerinnen zu Töss und den Augustinerchorherren von Kreuzlingen.
Für Recht und Ordnung hatten aber weltliche Herren zu sorgen: die Vögte, als Letztinstanz der Graf von Kyburg, schliesslich die Stadt Zürich und ihre Obervögte auf Hegi bis zur grossen Revolution. Die Behörden der Dorfgemeinde Zünikon regelten seit Jahrhunderten ihre Angelegenheiten weitgehend autonom. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurde die Zivilgemeinde Zünikon aufgehoben, und das Dorf entwickelte sich innerhalb der politischen Gemeinde Bertschikon.
Stets war das Dorfleben auch auf die nähere Nachbarschaft bezogen, besonders auf Elgg, wo in der Kirche das Taufbecken stand, wo 1000 Jahre die Messe gelesen, seit der Reformation aber das Predigtwort ins Zentrum rückte, von wo die schulischen Impulse kamen, wo die Kranken im Spital an der Untergasse Aufnahme fanden und wo schliesslich alle auf dem Friedhof zur ewigen Ruhe gebettet wurden.
Bis in die jüngste Zeit hat die Dorfbevölkerung von der Landwirtschaft gelebt. In den 1830er Jahren kauften sich die Bauern vom Zehnten los und erfreuten sich für kurze Zeit unternehmerischer Freiheit. Doch bald wurden sie Empfänger von Bundessubventionen, und in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts wandelte sich das Bauerndorf zum Pendlerdorf. Ein Porträt der heute im Dorf lebenden Familien und ihrer Häuser bildet den Abschluss der Dorfgeschichte.
Ein besonderes Kapitel ist der Schule Zünikon gewidmet. Tabellen im Anhang zeigen die Baugeschichte der Häuser des Dorfes und die Familien der Hausbesitzer von der Zeit der Helvetik bis heute.